<div dir="ltr"><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div class="gmail-gs" style="margin:0px;min-width:0px;padding:0px 0px 20px;width:initial;font-family:"Google Sans",Roboto,RobotoDraft,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:medium"><div class="gmail-"><div id="gmail-:6qt" class="gmail-ii gmail-gt" style="direction:ltr;margin:8px 0px 0px;padding:0px;font-size:0.875rem;overflow-x:hidden"><div id="gmail-:6ms" class="gmail-a3s gmail-aiL" style="direction:initial;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-variant-alternates:normal;font-kerning:auto;font-feature-settings:normal;font-stretch:normal;font-size:small;line-height:1.5;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;overflow:auto hidden"><div dir="ltr"><div>Dear colleagues,</div><div>Apologies for the cross-posting. I'm extremely pleased to announce the first release of laMEG: a toolbox for performing non-invasive inference of laminar-specific activity with MEG. My collaborators and I have been working on methods for laminar MEG for several years now, and we've finally put them all together in an easy-to-install toolbox. It includes test data, and tutorial jupyter notebooks to reproduce the simulations and analyses in all of our key papers:</div><div><br></div><div>- Laminar inference using model comparison with either free energy or cross validation error, as well as power-based ROI analysis</div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><span style="font-family:Arial,sans-serif;font-size:13px">Bonaiuto, James J., Holly E. Rossiter, Sofie S. Meyer, Natalie Adams, Simon Little, Martina F. Callaghan, Fred Dick, Sven Bestmann, and Gareth R. Barnes. "Non-invasive laminar inference with MEG: Comparison of methods and source inversion algorithms." </span><i style="font-family:Arial,sans-serif;font-size:13px">Neuroimage</i><span style="font-family:Arial,sans-serif;font-size:13px"> 167 (2018): 372-383.</span><div><span style="font-family:Arial,sans-serif;font-size:13px">Bonaiuto, James J., Sofie S. Meyer, Simon Little, Holly Rossiter, Martina F. Callaghan, Frederic Dick, Gareth R. Barnes, and Sven Bestmann. "Lamina-specific cortical dynamics in human visual and sensorimotor cortices." </span><i style="font-family:Arial,sans-serif;font-size:13px">Elife</i><span style="font-family:Arial,sans-serif;font-size:13px"> 7 (2018): e33977.</span><br></div><div><span style="font-family:Arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div></blockquote><div>- Free energy model comparison in a sliding time window with priors</div><div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><div><span style="font-family:Arial,sans-serif;font-size:13px">Bonaiuto, James J., Simon Little, Samuel A. Neymotin, Stephanie R. Jones, Gareth R. Barnes, and Sven Bestmann. "Laminar dynamics of high amplitude beta bursts in human motor cortex." </span><i style="font-family:Arial,sans-serif;font-size:13px">NeuroImage</i><span style="font-family:Arial,sans-serif;font-size:13px"> 242 (2021): 118479.</span><br></div><div><span style="font-family:Arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div></blockquote></div><div>- Surface post-processing, following up from FreeSurfer recon-all, to downsample multiple surfaces and compute link vectors to constrain dipole orientations</div><div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:none;padding:0px"><div><span style="font-family:Arial,sans-serif;font-size:13px">Bonaiuto, James J., Fardin Afdideh, Maxime Ferez, Konrad Wagstyl, Jérémie Mattout, Mathilde Bonnefond, Gareth R. Barnes, and Sven Bestmann. "Estimates of cortical column orientation improve MEG source inversion." </span><i style="font-family:Arial,sans-serif;font-size:13px">Neuroimage</i><span style="font-family:Arial,sans-serif;font-size:13px"> 216 (2020): 116862.</span><br></div><div><span style="font-family:Arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div></blockquote></div><div><font face="Arial, sans-serif">laMEG includes the ability to run any of these analyses on an arbitrary number of layer surfaces (not just pial versus white matter), interactive 3d surface visualization, an experimental "CSD" laminar analysis, and SPM compiled as a python library - no matlab license required.</font></div><div><br></div><div><font face="Arial, sans-serif">Github: </font><a href="https://github.com/danclab/laMEG" target="_blank">https://github.com/danclab/laMEG</a></div><div>Documentation: <a href="https://danclab.github.io/laMEG/">https://danclab.github.io/laMEG/</a></div><div>PyPI: <a href="https://pypi.org/project/lameg/" target="_blank">https://pypi.org/project/lameg/</a><br></div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div>Jimmy Bonaiuto</div><div><br></div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><span style="font-size:12.8px"><font size="2" color="#000000"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">---------------------</span></font></span></div><span style="font-size:12.8px"><font size="2" color="#000000"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">James Bonaiuto</span></font></span><div><span style="font-size:12.8px"><font size="2" color="#000000"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Group leader | </span></font></span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:arial,helvetica,sans-serif">Institut des Sciences Cognitives | CNRS</span><span style="color:rgb(0,0,0)"> / Université Claude Bernard Lyon</span><span style="font-size:12.8px"><font size="2" color="#000000"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></span></font></span><div style="font-size:12.8px"><font size="2" color="#000000"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><a href="http://danclab.com/" target="_blank">DANC lab</a> </span></font>| <a href="https://twitter.com/danc_labo" target="_blank" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">@danc_labo</a></div><div class="gmail-yj6qo"></div><div class="gmail-adL" style="font-size:12.8px"><div style="margin:2px 0px 0px;font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:small"></div></div></div></div></div></div></div></div><div class="gmail-adL"></div></div></div><div class="gmail-WhmR8e" style="clear:both"></div></div></div><br class="gmail-Apple-interchange-newline"><div style="font-size:12.8px"><div style="margin:2px 0px 0px;color:rgb(34,34,34);font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;font-size:small"></div></div></div></div></div>