<div dir="ltr"><p>The Intelligent Systems Group, University of Bristol has a fully funded PhD studentship available, to start in September/October 2016. <br>The deadline for applications is *** 10th June 2016 ***. <br> <br>Project title: Novel Methodology for Predicting the Effects of Genetic Variation.</p><p>Project details: Rapid developments in next-generation sequencing technologies have led to a substantial increase in identified genetic variants, which may be implicated in human disease. A focus of the project is to construct and use algorithmically-based methods for predicting the functional consequence of genetic variation. A representative publication is available as H.A. Shihab et al. Bioinformatics doi:10.1093/bioinformatics/btv009 (2015).<br>We have devised predictors for short insertions and deletions of genetic code (<a href="http://indels.biocompute.org.uk">indels.biocompute.org.uk</a>), haploinsufficiency and many other contexts.  In this PhD programme we will extend this study in many directions including devising disease-specific predictors and devising predictors for other types of genetic variation. The appointment should also be happy to work with biologists who work with genetically related data and our <br>team is a member of the Genomics England (100,000 genomes) Programme. In addition to this application core, the PhD student should be interested in the development of improved methodology for handling problems specific to the application domain. This includes new methods for handling label noise, improved methods for data integration, target ranking, label dependency and a range of other issues. He or she should be capable of developing novel methodology in addition to having a keen interdisciplinary interest in the given medical application domain. Thus the studentship would be of interest to an applicant with a background in mathematics, statistics, <br>computer science or bioinformatics.</p><p>Supervisors: Dr. Colin Campbell (<a href="mailto:C.Campbell@bristol.ac.uk">C.Campbell@bristol.ac.uk</a>) and Dr. Tom Gaunt (<a href="mailto:Tom.Gaunt@bristol.ac.uk">Tom.Gaunt@bristol.ac.uk</a>)<br> <br>Applications: Applicants should hold (or expect to obtain) a minimum upper-second honours degree (or equivalent) in mathematics, statistics, <br>computer science or bioinformatics.</p><p>The project is available to UK/EU nationals only due to the nature of the funding and is due to start September/October 2016. <br>For EU nationals we are only able to pay tuition fees and not maintenance.  </p><p>Any enquiries relating to the project and/or suitability should be directed to Colin Campbell (<a href="mailto:C.Campbell@bris.ac.uk">C.Campbell@bris.ac.uk</a>)</p><p>Administrative contact and how to apply: <br><a href="http://www.bris.ac.uk/engineering/graduate-school/pg-open/funding/">http://www.bris.ac.uk/engineering/graduate-school/pg-open/funding/</a></p><p>Applications portal<br><a href="https://webcentre.hobsons.co.uk/">https://webcentre.hobsons.co.uk/</a></p><p>Contact point for queries:<br>Postgraduate Admissions Team Phone: +44 (0) 117 954 5130 <br>Email: <a href="mailto:fen-pgadmissions@bristol.ac.uk">fen-pgadmissions@bristol.ac.uk</a> </p><p>PhD in Engineering Mathematics <br>Postgraduate Admissions Team <br>University of Bristol <br>Queen's Building <br>University Walk <br>Bristol <br>BS8 1TR, UK <br>- <br></p><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><p><font><font>Colin Campbell </font></font></p><p><font><font>Director, Intelligent Systems Laboratory, </font></font><br><font><font>Room 2.39, Merchant Venturer's Building,</font></font><br><font><font> University of Bristol,</font></font><br><font><font> Bristol BS8 1UB, </font></font><br><font><font> United Kingdom</font></font></p><p><b><font><font>Tel:</font></font></b><font><font> +44 (0) 117-33-15620</font></font></p><p><b><font><font>E-mail:</font></font></b> <a href="mailto:C.Campbell@bristol.ac.uk" target="_blank"><font><font>C.Campbell@bristol.ac.uk</font></font></a></p><p><a href="http://seis.bris.ac.uk/~enicgc/" target="_blank">http://seis.bris.ac.uk/~enicgc/</a><br><br></p></div></div></div></div></div></div>
</div>